Das Hochwasser an der Donau und im Einzugsgebiet der Elbe hat auch zum Produktionsausfall in Werken der Automobilindustrie geführt. Betroffen waren vor allem der Autozulieferer ZF und Porsche.

ZF hat aber inzwischen die Produktion in den Passauer Werken  mit 4 000 Mitarbeitern wieder aufgenommen. Die Produktionsanlagen wurden nicht überschwemmt, durch Zusatzschichten sollen die Produktionsausfälle möglichst aufgeholt werden. Die Hallen von ZF Services in Grubweg jedoch wurden von der Jahrtausendflut stark in Mitleidenschaft gezogen und werden jetzt wieder instandgesetzt.

Nur indirekt wirkte sich das Hochwasser auf das Porsche-Werk Leipzig aus, in dem täglich 450 Sportwagen gefertigt werden. Weil die Elbe und wichtige ihrer Nebenflüsse zwischen Bratislava (Pressburg) und Leipzig Hochwasser führen, kam der Nachschub aus der Slowakei nicht bis nach Sachsen durch. Deshalb fiel eine Produktionsschicht für den Cayenne aus. Inzwischen wird wieder produziert, doch bleibt die Nachschubsituation kritisch, weil die Transportfahrten durch Tschechien durch Streckensperrungen behindert werden.

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